学院现有生物医学工程一级学科博士/硕士学位授予点、药学（制药工程学）药学类二级学科博士/硕士学位授权授予点，生物与医药博士/硕士专业学位授予点，食品与营养硕士专业学位授予点。

现有智能制药关键技术教育部工程研究中心、农业农村部国家中药材加工技术研发专业中心、江苏省绿色制药与结晶关键技术工程研究中心等三个部省级科研平台。同时，学院建有符合新版《药品质量管理规范》（GMP）的实训中心，为省级学科综合训练中心。

学院不断凝练学科方向，围绕制药工程（含制药环境工程）、生物医学工程、食品科学与工程等三大学科，初步凝练了“合成生物与生物制造”“药品及高端化学品的智能化绿色制造与连续生产”“医疗器械、分子影像及核药”“生物医用材料与再生医学工程”“功能性食品研发”“食品质量与安全”六个主要科研方向。近年来成功获批国家重大科研仪器研制项目、国家自然基金重点项目、国家自然基金重大国际（地区）合作基金、国家自然基金优秀青年基金等项目；与晶泰科技、国药集团、原子高科、蒙牛乳业等行业头部企业开展产学研合作，共建多个校企联合研究中心、联合实验室，两项核药成果成功实现千万元级专利转让与技术转化。2025年，学院到账科研经费首次突破5000万元大关。